J. Milius siekia įrodyti, kad jis atleistas nepagrįstai. Pasak jo advokatų, ankstesnės Vyriausybės 2016 metų nutarimas nepritarti jo veiklos ataskaitai tapo „formaliu pagrindu“ jį atleisti. J. Milius siekia, kad šis nutarimas būtų pripažintas neteisėtu ir prašo grąžinti jį į pareigas, priteisiant negautą vidutinį darbo užmokestį.

Konstitucinis Teismas (KT) kovą paskelbė, kad J. Miliaus atleidimas neprieštarauja Konstitucijai. Tačiau teismas nevertino, ar pagrįstai buvo nepritarta J. Miliaus veiklos ataskaitai. Dėl to esą turės pasisakyti Vilniaus apygardos administracinis teismas, kuris ir prašė KT ištirti Vyriausybės sprendimą nepritarti  ataskaitai ir jį atleisti.

Laukiant KT sprendimo, J. Miliaus skundo dėl atleidimo nagrinėjimas teisme buvo laikinai sustabdytas. Kreiptis į KT buvo prašęs pats J. Milius.

Teisėsauga J. Miliui yra pateikusi įtarimus piktnaudžiavimu tarnyba ir dokumentų klastojimu. Specialiųjų tyrimų tarnyba tiria įtarimus, kad šaldytus maisto produktus gaminanti Kauno bendrovė „Judex“ per parlamentarą „tvarkietį“ Petrą Gražulį siekė paveikti Maisto ir veterinarijos tarnybą, jog ši neskirtų nuobaudų už pažeidimus.

J. Milius savo kaltę neigia.

Vyriausybė J. Milių iš pareigų atleido 2016 metų spalio pradžioje. Šiuo metu VMVT vadovauja Darius Remeika.