Europos Komisija teigia, kad Lietuva neįvykdė visų Miesto nuotekų valymo direktyvos reikalavimų. Pavyzdžiui, pažeidimu laikoma tai, kad Lietuva neužtikrino, jog 58 aglomeracijose ne mažiau kaip 98 proc. nuotekų būtų tvarkoma centralizuotai ir ne daugiau kaip 2 proc. - individualiose nuotekų tvarkymo sistemose.

Aplinkos ministerija siūlo, kad teritorijose, kuriose gyvena daugiau kaip 2 tūkst. žmonių, veiktų centralizuotos nuotekų tvarkymo sistemos ir prie jų prisijungtų visi namų ūkiai. Prisijungti bus privalu per devynis mėnesius nuo tos dienos, kai tam sudaromos sąlygos. Neprisijungusiems per nustatytą laiką bus taikomos sankcijos. Aplinkos ministerijos siūlomos Geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo įstatymo pataisos numato naujų prievolių vandens tiekėjams, o už jų nevykdymą taip pat bus taikomos sankcijos.

Preliminariais duomenimis, visiems Miesto nuotekų valymo direktyvos reikalavimams įgyvendinti dar reikėtų apie 100 mln. eurų.