Dalį personalo ir buhalterijos funkcijų perdavus įsteigtam Nacionaliniam bendrųjų funkcijų centrui, buvo sumažinta 34 darbuotojais, o dar 29 darbuotojais Muitinės departamente sumažėjo, įgyvendinant naujų Vidaus tarnybos statuto bei Valstybės tarnybos įstatymo reikalavimus.

Muitinės departamente 2019 m. pradžioje dirbo 350 darbuotojų: iš jų - 30 statutinių pareigūnų, 205 - karjeros valstybės tarnautojai ir 115 - dirbantys pagal darbo sutartį.

Palyginimui: 2018 m. sausį Muitinės departamente iš viso dirbo 413 darbuotojų, iš jų: 298 statutiniai pareigūnai, 3 - karjeros valstybės tarnautojai ir 112 - dirbantys pagal darbo sutartį.