Nuo 2015 metų J. Neliupšienė ėjo nepaprastosios ir įgaliotosios ambasadorės, Lietuvos nuolatinės atstovės Europos Sąjungoje pareigas, o 2009-2015 metais buvo Lietuvos prezidentės Dalios Grybauskaitės vyriausioji patarėja, Užsienio politikos grupės vadovė.

Ji taip pat yra dirbusi Lietuvos ambasadoje Baltarusijoje, URM Paramos demokratijai bei Vystomojo bendradarbiavimo politikos ir planavimo skyriuose.