1975-aisiais slapta teologijos studijas pogrindinėje kunigų seminarijoje pradėjęs J. Boruta, 1997 metais tapo tituliniu Vulturaros vyskupu ir buvo paskirtas Vilniaus arkivyskupo augziliaru.

1997–2002 metais jis buvo Lietuvos Vyskupų Konferencijos (LVK) generalinis sekretorius. 002 metų sausį popiežius Jonas Paulius II Joną Borutą paskyrė Telšių vyskupu.

Kaip nurodo jėzuitai.lt, sovietmečiu suėmus pirmąjį Lietuvos Katalikų Bažnyčios Kronikos redaktorių kunigą Sigitą Tamkevičių, 1983–1989 metais J. Boruta buvo šio leidinio vyriausiasis redaktorius.

Atkūrus nepriklausomybę 1991–2002 metais kunigas J. Boruta dėstė Vilniaus kunigų seminarijoje. 1991 metais atšventinus Vilniaus šv. Jonų bažnyčią tapo jos prefektu. Buvo vienas iš Religinės muzikos centro prie Šv. Kazimiero bažnyčios įkūrėjų, ilgametis šioje šventovėje rengiamų sekmadieninių religinės muzikos koncertų globėjas.

1992–2003 metais dėstė jis dėstė Bažnyčios istoriją Vilniaus universiteto Istorijos fakultete, subūrė, įkvėpė ir globojo būrelį jaunų Bažnyčios istorijos tyrinėtojų.

Jonas Boruta buvo vienas iš pagrindinių Lietuvių katalikų mokslo akademijos atkūrimo Lietuvoje iniciatorių ir organizatorių.

Telšių rajono savivaldybės taryba 2010 metais vyskupui J. Borutai suteikė Telšių miesto garbės piliečio vardą.

2016 metais Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras vyskupą Joną Borutą pripažino Laisvės kovų dalyviu, o 2021 metais jis tapo Laisvės premijos laureatu.

Vyskupas J. Boruta 1992 metais buvo apdovanotas Sausio 13-osios atminimo medaliu, 2000 metais – Lietuvos nepriklausomybės medaliu, o 1998 metais – Vyčio Kryžiaus ordino Komandoro didžiuoju kryžiumi.