Sekoskaitos tyrimai Lietuvoje: viruso atmainų paveikslas nėra pats blogiausias variantas

Nėra pats blogiausias variantas

Kol dar neįsibėgėjo Vyriausybės patvirtintas ilgalaikės SARS-CoV-2 viruso genominės stebėsenos projektas, Vilniaus universiteto ligoninė Santaros klinikos kartu su „Thermo Fisher Scientific Baltics“ Pažangių technologijų grupės mokslininku dr. Justinu Šliku ir tarptautiniais ekspertais dr. Gyčiu Dudu bei dr. Ingrida Olendraite atliko 1000 SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą iš mėginių, surinktų gruodžio ir sausio mėnesiais Lietuvoje.

Sekoskaita – tai viruso arba kokio nors organizmo genetinio kodo (DNR arba RNR) nuskaitymas, t. y. nustatymas, kokios raidės (nukleotidai) ir kokia tvarka sudaro organizmo genomą.

Kaip rašoma Santaros klinikų pranešime, per paskutinį dešimtmetį infekcijų sukėlėjų genomų sekoskaita tapo neatsiejama kovos su užkrečiamomis ligomis dalimi, padedančia nustatyti, suprasti ir kontroliuoti infekcinių ligų protrūkius. Infekcijų sukėlėjų genetinių pokyčių stebėsena suteikia daug vertingos informacijos valstybei svarbių sprendimų priėmėjams. Todėl beveik realiu laiku atliekama duomenų analizė turi tiesioginės įtakos visuomenės sveikatai ir gyvenimui.

Genomo sekoskaita jau dabar turėjo labai svarbios reikšmės valdant COVID-19 pandemiją. Ji padėjo nustatyti, kad SARS-CoV-2 yra COVID-19 ligos priežastis, pradėti diegti naujus diagnostikos metodus, vystyti naujus gydymo metodus ir kurti vakcinas, nustatyti datą, kada virusas pirmą kartą pateko į žmogaus organizmą bei nustatyti viruso kilmę. Sekoskaita taip pat pagelbėjo atskirti užsitęsusią ligą nuo pakartotinio užsikrėtimo, ankstyvose epidemijos stadijose atskirti vietinį ligos plitimą nuo daugelio įvežtinių atvejų, aptikti naujas atmainas su pasikeitusiomis savybėmis ir atpažinti virusų srautus – tarp šeimininkų, tarp geografinių vietų.

Mano nuomone, toks ribotas dominuojančių atmainų paveikslas nėra pats blogiausias variantas, nes jis rodo, kad papildomoms į mūsų šalį pakliūvančioms atmainoms kol kas nesisekė paplisti plačiau, kitaip turėtume dar didesnę atmainų mozaiką.

Virusų tyrinėtojas G. Dudas, norėdamas apibūdinti Lietuvoje (Vilniuje) dominuojančias viruso atmainas, sako, kad šiuo metu nustatomos dvi pagrindinės: B.1.1.280 (lietuviškoji) ir B.1.177 (ispaniškoji, tiksliau – pastarosios „sulietuvėjusi“ versija).

„Mano nuomone, toks ribotas dominuojančių atmainų paveikslas nėra pats blogiausias variantas, nes jis rodo, kad papildomoms į mūsų šalį pakliūvančioms atmainoms kol kas nesisekė paplisti plačiau, kitaip turėtume dar didesnę atmainų mozaiką“, – komentuoja G. Dudas.

Pasak Santaros klinikų Biobanko vadovo, vyresniojo medicinos biologo Danieliaus Naumovo, Lietuvoje dominuojančios B.1.1.280 ir B.1.177.LTU atmainos nėra labai ypatingos – tai reiškia, kad jos susirūpinimą keliančių mutacijų neturi, ko negalima pasakyti apie angliškąją, braziliškąją ar Pietų Afrikos Respublikos.

„Pažiūrėjus į filogenetinį SARS-CoV-2 genomų medį, galima pastebėti vieną mažą ir kol kas vienintelį šiuo metu žinomą B.1.1.7 genomą iš Lietuvos. Esame tokioje situacijoje, kur nebereikia statistinių analizių, nes tas pats paveikslas kas savaitę atsiveria ten, kur aptinkama B.1.1.7 – greitas visų prieš tai cirkuliavusių atmainų pakeitimas šia. Tą matėme Jungtinėje Karalystėje, Danijoje, o dabar pastebime visur. Šiuo metu Europoje apie 35 proc. COVID-19 atvejų šalyse, vykdančiose sekoskaitą, priklauso šiai atmainai, tad būtų naivu tikėtis, kad to nepamatysime Lietuvoje. Mažiausiai,ką galime padaryti, tai būti pasiruošę“, – mano mokslininkas G. Dudas.

Santaros klinikos įžvelgia didžiulį poreikį stebėti epidemiologinę situaciją, todėl ir toliau tęsia SARS-CoV-2 genomų sekoskaitą.

Kauno klinikose šią savaitę naujų viruso atmainų nenustatyta

Kauno klinikose jau tris savaites atliekami klinikinėmis indikacijomis paremti SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimai, remiantis Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (ECDC) rekomendacijomis šiuos tyrimus atlikti didžiuosiuose klinikiniuose centruose. Atlikus pastarųjų trijų savaičių COVID-19 liga sirgusių ligoninės pacientų ėminių SARS-CoV-2 genomo tyrimus, nauja „britiškojo“ viruso atmaina nerasta. Šią savaitę sėkmingai ištirta 15 genomų, kuriuose naujųjų atmainų taip pat nerasta.

Kaip praneša įstaiga, iš viso Kauno klinikose per pastarąsias savaites atlikti 32 genomo tyrimai – kitą savaitę numatoma jų skaičių didinti pagal Sveikatos apsaugos ministerijos numatytą programą. Tikimasi, kad tai pagreitins galimą naujų koronaviruso tipų, cirkuliuojančių mūsų visuomenėje, atradimą. Klinikinėje praktikoje tai leis imtis greitesnių infekcijos plitimo apsaugos priemonių ir prognozuoti mutavusio viruso pavojingumą visuomenei bei atsaką į vakcinas.

 „Kauno klinikos, pradėjusios sistemingus koronaviruso genomo sekoskaitos tyrimus, juose įžvelgė ne tik akademinę, bet ir klinikinę, diagnostinę bei epidemiologinę naudą. Manau, kad labai svarbu, jog Lietuva turės nacionaliniu lygiu veikiančią COVID-19 ligos sukėlėjo sekoskaitos tyrimų sistemą“, – sako Kauno klinikų generalinis direktorius prof. habil. dr. Renaldas Jurkevičius.

Sekoskaitos tyrimai rodo viruso nukleorūgščių seką, o genetinė analizė leidžia įvertinti sekoje atsiradusius pokyčius – įvykusias mutacijas. „Taip galima matyti, koks viruso tipas cirkuliuoja populiacijoje. Sekoskaitos tyrimai, atlikti pasauliniu mastu, atskleidė, kad COVID-19 pandemijos pradžioje dominavęs SARS-CoV-2 tipas S evoliucionavo į agresyvesnį ir labiau prisitaikiusį plisti tarp žmonių – tipą L, vyraujantį dabartiniu metu“, – sako Kauno klinikų Laboratorinės medicinos klinikos vadovė prof. Astra Vitkauskienė.

Pagal kriterijus atrinktus COVID-19 tyrimo teigiamus ėminius iš įvairiuose skyriuose gydomų COVID-19 liga sergančių pacientų, Kauno klinikų biologai ir genetikai juos ruošia sekoskaitos procesui. „Sekoskaitos tyrimas sugeneruoja didžiulius duomenų kiekius, kuriuos apdorojame ir sudėliojame kiekvieno ėminio konkrečią viruso seką, – pasakoja Genetikos ir molekulinės medicinos klinikos vadovė prof. Rasa Ugenskienė. –  Tuomet lyginame jas su kitomis, pavyzdžiui, Jungtinėje Karalystėje nustatytomis sekomis, ir ieškome viruso mutacijų“.

Kauno klinikose atliktų SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimų duomenimis ketinama dalintis ir tarptautinėse duomenų bazėse, siekiant įvertinti galimą viruso atmainų plitimą globaliu mastu.

Praėjusią savaitę Sveikatos apsaugos ministerija (SAM) pranešė, kad siekiant stebėti Lietuvoje aptinkamų koronaviruso atmainų įvairovę, paplitimą bei jų genomų kitimą, nacionaliniu pradedami vykdyti genomo sekoskaitos tyrimai.

Organizuoti ir koordinuoti šį procesą pavesta Nacionalinei visuomenės sveikatos priežiūros laboratorijai (NVSPL).

Ji turės užtikrinti, kad per savaitę būtų ištiriamas procentas visų teigiamų atvejų, tačiau atliekama ne mažiau kaip 200 tokių tyrimų.

Tyrimus įsipareigojo atlikti Santaros klinikos, Kauno klinikos, Vilniaus universitetas ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetas.

Be to, Nacionalinei laboratorijai pavesta sudaryti sutartis dėl koronaviruso genomo sekoskaitos tyrimų atlikimo su Vilniaus universiteto ligonine Santaros klinikomis, Lietuvos sveikatos mokslų universiteto ligonine Kauno klinikomis, Vilniaus universitetu ir Lietuvos sveikatos mokslų universitetu.

Taip pat prie koronaviruso genomo sekoskaitos projekto, įsivertinus galimybes, planuoja jungtis ir Nacionalinis maisto ir veterinarijos rizikos vertinimo institutas.

SAM taip pat praėjusią savaitę BNS patvirtino, kad sausio pradžioje vilnietei buvo nustatytas užsikrėtimas Jungtinėje Karalystėje (JK) išplitusia koronaviruso atmaina. Kol kas tai vienintelis toks atvejis šalyje.