Šaltiniai praneša, kad 1381 m. dar visai jaunas Vaidutis pasekė tėvo pėdomis ir per Vokiečių ordiną atvyko į imperatoriškąjį Prahos dvarą. Ten buvo pakrikštytas Jono vardu, studijavo Prahos universitete ir priėmė dvasininko šventimus. Vėliau persikėlė į giminaičio Jogailos valdomą Lenkiją, kur tapo Krokuvos ir Sandomiro kanauninku.

Vaidutis išsaugojo asmeninius ryšius su Lietuvos kilmingaisiais. Tai liudija jo ištikimybės priesaika kunigaikščiui Žadvydui, kuris buvo patekęs į Skirgailos nemalonę. Tačiau svarbiausias Jono Vaidučio biografijos įvykis nutiko jau gyvenimo pabaigoje. 1400 m. jo antros eilės dėdė, Lenkijos karalius Vladislovas Jogaila, atnaujino Krokuvos universitetą.

Po metų jo antruoju rektoriumi tapo Jonas Vaidutis. Tačiau dar po metų jis mirė ir buvo iškilmingai palaidotas Krokuvos katedroje. Taip netikėtai lietuvis paliko intelektualinį pėdsaką Krokuvoje, nors šiaip lietuvių jaunuomenė tuo metu dar tik pradėjo studijuoti užsienio universitetuose.