Lietuvos grūdininkystės sektorius, perspektyviausia žemės ūkio šaka, dažnai valstybės institucijų buvo kritikuojamas, kad eksportuoja žaliavą, o ne perdirbtą produktą. Nors teigiama, kad perdirbimas svarbus tiek žemės ūkiui, tiek Lietuvos ekonomikai, pastaruoju metu sektoriui, turinčiam visas galimybes perdirbti didesnius grūdų bei rapsų kiekius, sudaromi papildomi barjerai – pavyzdžiui, vien dėl planuojamų 2020 m. lygio „lubų“ biodegalų sektoriui, Lietuvos žemės ūkio sektorius ir pramonė per artimiausius 10 metų gali patirti daugiau kaip 0,627 mlrd. eurų tiesioginių nuostolių.
