Klaipėdos jūrų uosto direkcija yra viena iš nedaugelio institucijų Lietuvoje, kur atlyginimai didėja. Uosto generalinio diretoriaus atlyginimas išaugo nuo 9 673 litų 2010 metų pabaigoje iki 11 840 litų – 2012 metais. Tiesa, 2009 metais jis buvo dar didesnis  - siekė 12 041 litą.

Uosto direktorių atlyginimai augo atitinkamai nuo 8 666 litų 2010 metų pabaigoje iki 10 656 litų 2012 metais. Tik padalinių vadovų atlyginimai mažėjo nuo 6 946 litų 2010 metų pabaigoje iki 6 231 litų – šiemet.

Mažėjo ir locmanų atlyginimai. 2010 metais 2 klasės locmano atlyginimas buvo 5 890 litų, 1-os klasės -  7 510 litų, o vyriausiųjų locmanų –  8523 litų. Šiais metais locmanų atlyginimai buvo atitinkamai 5 200, 5 950 ir 6 870 litų.

Ryškiai mažėjo ir laivų eismo tarnybos operatorių atlyginimai. 2010 metais operatoriaus atlyginimas buvo 4 777, o vyriausiojo operatoriaus - 5 707 litai. 2012 metais šie atlyginimai siekė atitinkamai 4 050 ir 5 150 litų.

Kaip giriasi koncernas „Achemos grupė“, kad mažiausias jų atlyginimas yra 1000 litų, taip ir Uosto direkcija galėtų pasigirti. Mažiausias atlyginimas šioje institucijoje yra kiemsargių ir valytojų. Jis siekė 1 314 litų. 2010 metais kiemsargių ir valytojų atlyginimas sudarė 1 236 litus. Vairuotojai Uosto direkcijoje šiuo metu gauna 2 355 litus. 2010 metais vairuotojų atlyginimas buvo 2 485 litai.

Tarp mažiausiai uždirbančių Uosto direkcijos darbuotojų yra ir Šventosios uosto budintys operatoriai. Jų atlyginimas yra 1 650 litų. 2010 metais šios prieplaukos operatorių dar nebuvo, o Mažųjų žvejybos laivų prieplaukos operatorių atlyginimas siekė 2 194 litus.

Ryškiai – nuo 3 701 litų 2010 metais iki 2 695 – 2012 metais mažėjo uosto narų, nuo 4 015 iki 3 330 litų pagalbinių laivų kapitonų atlyginimai. Tarp mažiausiai gaunančių (2012 m. – 2111 litas) yra ir jūreiviai – motoristai. 2010 metais jų atlyginimas buvo 2 162 litai.

Tarp daugiausiaiuždirbančių pareigūnų yra uosto kapitonas Viktoras Lukoševičius ir generalinis direktorius Eugenijus Gentvilas.